Obyek wisata Kelimutu sangat mudah di jangkau. Ada 4 alternatif rute perjalanan ke Taman Nasional Kelimutu dapat dilakukan, baik dengan menggunakan transportasi darat, air , maupun udara. Bagi pengunjung yang ingin melakukan perjalanan ke Taman Nasional Kelimutu dapat menikmati keindahan alam yang eksotik sekitar pukul 04.00 pagi, seni budaya dan kehidupan sosial desa tradisional di sekitarnya seperti Woloara, Jopu, Ranggase, Wiwipemo, Tenda, Nuamulu dan Nggela.
• Rute 1 Tiba di Bandara H. Aroeboesman atau Pelabuhan IPPI Ende, wisatawan dapat memperoleh informasi tentang objek-objek wisata Kota Ende dan sekitarnya di Pusat Informasi Wisata Jl. Soekarno No. 4 Ende. Kemudian anda dapat menikmati suguhan makanan dan minuman di restoran-restoran di kota Ende seperti RM. Pondok Bambu, Warung Bangkalan dll. Setelah mengunjungi objek wisata di Ende, anda dapat melanjutkan perjalanan menuju Kelimutu yang berjarak 53 Km dari Kota Ende dengan mengunakan transportasi umum, mobil/sepeda motor. Dalam perjalanan ke Kelimutu ada banyak objek dan atraksi wisata alam yang dapat di lihat seperti Gua-gua Jepang di Roworeke di Km.7, air terjun, jurang, lembah dan hutan kemiri sepanjang pegunungan. Anda juga dapat menikmati Watugamba (batu bertulis) di Km 17 dan berhenti sejenak untuk melihat belut raksasa di desa tradisional Wolotolo.
Selanjutnya diteruskan dengan menikmati pemandangan alam yaitu sawah berundak di Dile, dan melihat batu berbentuk perahu (Waturajo) dan kuburan tradisional seperti Saga, Puutuga, dan Sokoria. Kembali ke rute Ende-Kelimutu dengan melewati desa tradisional Detubapa yang terkenal dengan kebun contoh (agro wisata) di KM 29, kebun sayur, cengkeh dan sawah berundak sepanjang perjalanan sebelum dan sesudah Detusoko. Di Detusoko dapat menikmati sumber air panas Koka, mengunjungi Gua Maria, desa tradisional dan gereja tua dan menginap di Wisma St. Fransiskus. Dalam perjalanan ke Nduaria anda dapat mengunjungi desa tradisional Wologai, melihat Mumi di Desa Nuaone dan membeli sayuran dan buah-buahan lokal di Pasar Tradisional serta menikmati keindahan alam di Desa Nuamuri dan air terjun di lia Kutu serta Kebun Contoh Sayur dan Buah.
Di Moni (Koanara), anda dapat menginap di hotel-hotel dan home stay seperti :Hotel Flores, Arwanty Homestay, Amina Moe Homestay dan penginapan lainnya. Saat anda memasuki kawasan Kelimutu pengunjung diharuskan membeli karcis masuk di Pos Jaga Taman Nasional Kelimutu di Manukako sekaligus dapat memperoleh informasi tentang Kelimutu dan meminta pemandu wisata. Sambil menyusuri jalan setapak pengunungan, lembah dan jurang yang dikelilingi hutan dan bunga seperti Edelweis dan cemara gunung, terdapat pula spesies burung Gerugiwa yang dapat meniru dan mengubah nada suaranya. Dalam perjalanan pulang anda dapat berhenti sejenak untuk mengunjugi sumber air panas di Watu Raka, Koloronggo dan Lia Sembe dan air terjun Marundao – Moni. Di Moni anda dapat melihat kampung tradisional, atraksi seni tari tradisional dan membeli souvenir berupa kerajinan tenun ikat.
• Rute II
Menuju Kelimutu dapat di tempuh melalui Labuan Bajo, Ruteng, Bajawa, Mbay, Maukaro, Nggemo, Mukusaki, Wewaria dan Ropa. Dalam perjalanan menuju Kelimutu anda dapat berhenti sejenak di Sumber Air Panas Koka, Detusoko.
• Rute III
Dari Maumere dengan melewati pantai utara pulau flores yang terkenal dengan pasir putih dan alam lautnya, Pantai Nggemo, Pantai Ndondo, Aewora, Anabara, Maurole, Mausambi dan Pantai Ropa kemudian menuju Detusoko – Moni lalu Kelimutu.
• Rute IV
Dari Maumere ke Wolowaru. Di Wolowaru anda dapat mengunjungi desa-desa tradisional dengan rumah adat, bangunan megalitik, kerajinan tenun, tarian tradisional dan peninggalan purbakala seperti di Mbuli Lo’o, Ranggase, Jopu, Tenda, Wolojita, Wiwipemo, Nuamulu, Ngela dan Lisedetu.
• Rute V
Bila anda dari Komodo ingin berwisata ke Kelimutu melewati jalan darat Labuan-Bajo – Ruteng – Bajawa – Ende. Selain panorama alam dan cuaca sejuk dan indah pemandangan sepanjang jalan, memasuki perbatasan Kabupaten Ende melewati pantai selatan yang indah dan jernih seperti Nangmboa, Nangapanda, Penggajawa, Numba serta Gua alam pantai di Mbawe.Anda akan lebih puas bila ingin berlayar dan menikmati alat laut di Pulau Ende dengan menggunakan perahu cadik yang tersedia di Taman Wisata Bahari Pantai Ende sebelum melanjutkan perjalanan anda mengikuti Rote I. Kesempat yang sama selain menikmati objek dan daya tarik wisata dalam kota Ende, sambil menginap di hotel dan mempunyai kesempatan mengunjungi pantai Mbu'u, Kampung tradisional Wolotopo, Ngalupolo dan Ndona "SELAMAT BERWISATA"